Los proyectos de investigación son uno de los ejes centrales del Instituto CAPAZ. En ellos se desarrollan y ponen a prueba enfoques para comprender los conflictos en Colombia y aportar a la construcción de paz. Desde 2017, CAPAZ impulsa estas iniciativas fortaleciendo redes de conocimiento entre academia, gobierno y sociedad civil. Además, los proyectos promueven la cooperación binacional entre instituciones de Colombia y Alemania.