Con el fin de lograr un mayor impacto en sus actividades de investigación, CAPAZ ha definido tres áreas de investigación que orientan la financiación y promoción de sus proyectos:
Esta área investiga las dinámicas que toman las acciones prácticas implementadas por distintos actores tanto institucionales como de la sociedad civil, con el objetivo de contribuir a la construcción de paz, especialmente desde las regiones de Colombia. Especial atención se dará a temas de educación para la paz y memoria histórica.
El área se concentra en investigar sobre el diseño, la implementación y el seguimiento de los mecanismos jurídicos e institucionales necesarios para la terminación definitiva del conflicto armado colombiano y que logre la máxima satisfacción posible de los derechos de las víctimas.
Esta área de investigación analiza las relaciones de poder y las luchas alrededor del territorio, las cuales traen como consecuencia distintos tipos de conflictos que inciden en la generación de violencia y producen desigualdades socio-económicas. En esta área se busca explicar la reconfiguración de los intereses de los distintos actores implicados en la construcción de una paz estable y duradera en Colombia, incorporando el territorio como un eje fundamental de articulación de los conflictos.