El Instituto CAPAZ apoya proyectos de investigación que abordan, de manera interdisciplinar, la construcción de paz y las dinámicas de una sociedad en transición en Colombia. Los proyectos analizan temas como:
- Justicia transicional
- Implementación de la paz en los territorios
- Paz y conflicto en las políticas educativas
- Aspectos psico-sociales de la salud en poblaciones vulnerables
- Construcción de memoria y discursos de verdad
- Paz y desigualdades sociales
- El rol de las víctimas en la construcción de paz
- Protección de líderes y lideresas sociales y personas defensoras de Derechos Humanos
- Sistemas de información geográfica para la reconstrucción del territorio
- Enfoques diferenciales en la construcción de paz
- Desarrollo sostenible y paz ambiental
Estos proyectos tienen incidencia directa en las regiones de Colombia, gracias al trabajo con las comunidades, especialmente en las zonas más afectadas por el conflicto armado. Son financiados directamente por el Instituto CAPAZ u otras fuentes de cooperación. En ellos participan el Instituto CAPAZ, sus miembros fundadores y asociados, y otras instituciones u organizaciones.